科室概況：
    南京市中醫院研究所下設中醫藥研究所、藥物臨床試驗機構。研究所現有研究人員7人，其中高級職稱5人，初級職稱2人，具有碩士學歷3人。專業背景包括中藥化學、藥物制劑、藥物分析、藥事管理、中醫學和中醫護理學。
中醫藥研究所：
    中醫藥研究所成立于2000年，設有藥物研究室、儀器室、資料室，擁有高效液相色譜儀、紫外分光光度計、電子分析天平、冷凍離心機、超低溫冰箱、真空濃縮系統等儀器。
    中醫藥研究所先后承擔了多項國家、省、市級重點項目課題，完成課題二十余項，已獲省、市科技進步獎十余項，具備開展中藥活性成分與有效部位提取工藝研究、成分分析、結構鑒定、藥代動力學、制劑工藝及質量標準等研究的能力，主要進行院內制劑劑型改革、質量標準、藥物代謝、中藥新藥開發等研究。
藥物臨床試驗機構 (GCP)：
    2005年6月國家食品藥品監督管理局根據《藥物臨床機構資格認定辦法》對我院申報藥物臨床試驗資格，組織專家進行現場檢查后，認為我院具備藥物臨床試驗的條件，于2005年12月29日授予我院藥物臨床試驗機構資格認定證書（編號：0077）。認定我院中醫腦血管、中醫消化、中醫婦科、中醫心血管、中醫骨傷、中醫肛腸6個專業組，具備承擔藥物臨床試驗資格。
    機構下設有機構辦公室、獨立的倫理委員會、醫學檢驗科、醫學影像中心和試驗藥品庫房。主要承擔中藥新藥Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期及醫療器械、醫用診斷試劑的臨床試驗。機構于2010年4月順利通過了國家食品藥品監督管理局的資格復核檢查，認定證書編號：ZF20120005。