針灸科成立于1956年，1997年成為南京市中醫重點建設單位；1999年成為江蘇省中醫重點?？平ㄔO單位，2002年成為省級中醫重點?？?、目前為南京中醫藥大學附屬南京中醫院針灸推拿教研室、南京中醫藥大學國際教育學院針灸臨床教學基地。同時還是國家中醫藥管理局電子灸技術協作組組長單位；中醫整脊、麥粒灸、火針、浮針等技術協作組成員單位；國家中醫藥管理局“面癱”、“肩周炎”臨床路徑協作組成員單位?？剖覛v經近60年的建設、創新與發展，擁有一支技術精湛、團結協作、不斷進取的?？茖W術創新團隊，在醫療、教學、科研、科室規模、專業人員診治療技術水平等方面處于國內相關領域領先水平。擁有27名臨床醫師，其中主任醫師6人，副主任醫師2人，主治醫師10人，住院醫師9人，其中博士研究生6人，碩士研究生14人，現有學科帶頭人1人，學科后備人才2人，市級名中醫4人，碩士研究生導師5人，針灸科病區開放床位23張。

      目前，科室在治療中風及其后遺癥，頸肩腰腿痛、強直性脊柱炎、類風關節炎、痛風病、面癱、單純性肥胖、胃食管反流病、更年期綜合癥和不孕癥、帶狀皰疹后遺神經痛等方面形成了集診斷、治療、康復等為一體的規范化診療體系，療效突出?？剖议_展同醫整脊、浮針、毫火針、小針刀、腹針、舌針、穴位貼敷、電子灸、熏蒸療法、耳壓等多種特色療法。長期承擔境外留學生的國際針灸教育工作，在海內外享有極高的聲譽，同時在白俄羅斯設立的莫吉廖夫南京中國傳統醫學中心開展針灸專業診療服務，在南京市政府“一帶一路”項目建設中發揮了積極的作用。