婦科是國家中醫藥局“十二五”重點?？?，國家中藥新藥及器械臨床試驗基地，中醫婦科碩士點。該科創建于1956年建院初期，歷經60余年的發展，逐步成為具有較強綜合實力的國家級中醫重點?？?。

科室成員學歷層次較高、專業技術較強，有全國中醫師承指導老師、江蘇省名中醫1名，南京市名中醫2名，碩士生導師5名，中高級職稱16人。醫生均為本科以上學歷，其中博士2名，碩士12名，碩博士學歷占80%，中醫專業占88%。門診設有專家門診、專病門診、普通門診、門診手術室、陰道鏡室、盆底功能診治室、中醫治療室等。

婦科遵循中西醫結合優勢互補，在診療月經不調、不孕癥、宮頸病、宮腔粘連、子宮肌瘤、子宮內膜異位癥、惡性婦科腫瘤等婦科疾病方面，達到了省內領先水平。開展了中醫特色專病門診，有中醫特色治療10項以上、院內中藥制劑8種，形成了中醫特色明顯的4大優勢病種——更年期綜合征、盆腔炎、先兆流產、崩漏。承擔各級科研課題10余項，其中參加國家科技部“十一五”支撐計劃中醫臨床研究課題2項、江蘇省中醫藥局課題8項、南京市科技局課題4項、南京市衛生局重大項目2項；獲江蘇省、南京市科技進步獎4項，獲新藥批件1項、國家專利1項。