兒科歷史悠久，中醫特色療法出眾，是江蘇省中醫藥學會兒科專業委員會和南京市中醫藥學會兒科專業委員會掛靠單位，是南京中醫藥大學中醫兒科博士點、中醫兒科碩士點、中西醫結合兒科碩士點。

兒科擁有多名臨床經驗豐富的專家人才隊伍，運用中醫、中西醫結合療法治療兒科常見病、多發病及各種疑難雜病，特別對小兒哮喘、小兒反復呼吸道感染、小兒厭食、小兒遺尿、小兒性早熟、小兒矮小癥、小兒佝僂病、小兒多動癥和抽動癥等疾病具有獨特的治療經驗。

兒科開設了獨立的兒童疾病中醫治療室，采用穴位貼敷、小兒推拿、小兒針灸等多種中醫傳統療法，配合該科研制的內服制劑和外用制劑如：臍療散、止汗散、遺尿散、腮貼等治療兒童疾病，療效確切。特別是開展的“冬病夏治”、“三九貼”、“小兒推拿”特色療法，針對兒童哮喘、反復呼吸道感染、小兒過敏性鼻炎、遺尿癥等疾病效佳價廉、無毒副作用，減少了患兒靜脈輸液及抗生素的使用，幾十年來已經惠及眾多兒童，在本市和周邊地區具有非常高的知名度。