南部新城醫療中心內鏡中心位于門診3樓，總面積3300平方，是集內鏡下診斷、治療、科研、教學為一體的綜合性科室。內鏡中心配備各種電子胃腸鏡、支氣管鏡、膀胱鏡、喉鏡,包括目前國際上最先進的Olympus290放大胃腸鏡、富士能藍激光高清胃腸鏡及超細胃鏡、十二指腸鏡、環掃超聲內鏡、扇掃超聲內鏡、超聲小探頭等，同時配有先進的愛爾博刀，膠囊內鏡、麻醉機等。

      內鏡中心以消化內鏡工作為主，常規開展無痛胃腸鏡、消化道息肉切除術、上消化道異物取出術、消化道狹窄擴張及支架置入術、食管曲張靜脈結扎與硬化術、胃曲張靜脈組織膠栓塞術、內鏡下鈦夾止血術及注射止血術、ESD（治療消化道早癌）、STER（治療消化道間質瘤）、POEM（治療賁門失弛緩癥）、ERCP及其相關治療技術（治療膽胰管結石及良惡性梗阻性黃疸）、內鏡下消化道粘膜下病變挖除術、內鏡下胃腸道息肉切除術(EMR)、內鏡直視下鼻空腸管置入術、內鏡直視下腸梗阻導管置入術、經皮胃造瘺術（用于對不能經口進食的病人實施腸內營養）及超聲內鏡診治、膠囊內鏡檢查、C13尿素呼氣試驗、尤其是放大染色胃腸鏡檢查技術，使得消化道早期癌的檢出率大大提高。

      呼吸內鏡方面，除電子支氣管鏡檢查，還成功開展了經支氣管鏡氣管擴張術及取異物術、肺泡灌洗術、支氣管鏡下氣管內腫瘤治療及息肉切除術、惡性氣管狹窄氣管支氣管支架置入術等。電子鼻鏡喉鏡方面，開展組織活檢等診治。膀胱鏡方面，開展膀胱檢查及組織活檢、膀胱灌注等診治。